• 宫崎骏在构思本片时大听瓦格纳的歌剧《女武神》，原定金鱼姬的名字是“布伦西德”（《女武神》中的人物）。后来，宫崎在作画时突发奇想，改成了“波尼”。
• 小男主人公宗介的名字来源于夏目漱石的小说《门》中的人物野中宗助（在日文中，“宗助”和“宗介”发音一样）。
• 在《哈尔的移动城堡》上映期间，吉卜力的成员们集体前往靠近濑户内海的某个小城度假。那里保持着传统民居的风貌，令宫崎骏十分喜欢。大家就住在可以看见大海的悬崖上的旅馆里。这次旅行促生了《悬崖上的金鱼姬》。
• 在宗介常去的向日葵园里，开着美丽的剑兰。这是宫崎骏的安排。剑兰的花语是炽热的爱、思念、努力、忘却，影射波尼的故事。
• 宫崎骏的动画作品中经常有美味的食物，在本片中登场的是理沙为宗介和波尼做的拉面。宫崎本人特别喜欢菠菜拉面，但因为菠菜怎么也画不好，最后面上的绿叶植物改成了葱段。面上还有半个蛋和两片火腿肉。片中有个波尼吃火腿肉的场景，原先作画人画的是波尼拿了上面的一片火腿吃，后来作画监督经过调查考证将之改成了选下面一片火腿——因为先面的那片贴着面汤比较热。对细节的执着体现出宫崎作品的不凡之处。
• 在制作本片期间，宫崎骏每周要做三次按摩，分别在周二、周六和周日。其中周六和周日的两位按摩师是长年来往的熟人，年纪都挺大了。宫崎觉得效果似乎不如以前，才又找了一位新的师傅，追加了周二的按摩。