• 本片将请罗大佑为本片谱写主题曲《恋曲2006》。导演尹力说：“我非常着迷罗大佑的作品，希望他能为《云水谣》谱写一曲《恋曲2006》 。何况《云水谣》里那种生死不移守候一生的爱情，有古典的柔情，也有浓烈的悲怆，如果能请罗大佑来谱写传达，一定会最传神。而片中男女主角陈秋水与王碧云的爱情，也是发生在台湾。”
• 本片真实还原了台湾四五十年代苗栗的风情，查阅了大量资料，请来民族学专家来研究当时的民俗风情。
• 经过布景，40年代台湾的街道、“古董街”保留着最闽南的气息，60年前的台湾风貌俨然呈现在镜头前。
• 为了重现战争场景，剧组动用上百人在京郊挖战壕筑墙的。一米一米挖掘出长长的战壕。
• 王碧云晚年移居加拿大的家。为表现在异国他乡对故土的怀念，将她的家中布置了很多怀旧的东西。
• 本片的总制片人韩三平说：“拍摄《云水谣》的一个主要目的是对类型片进行多样化的探讨。”他认为目前中国真正成熟的类型片只有古装武侠一种。“就这么几个导演，就这么几个明星，就这么几个套路，在创造了高票房的同时，也限制了中国电影的整体发展，实际上根本无法满足观众的需要。”
• 片尾处那一只飞跃重重峻岭的雄鹰是片中最后一个特技镜头，也是制作时间最长的一个，为了让鹰能飞起来整整花去了一年的时间。
• 为了假鹰，特技人员特地请了一只真鹰到工作室，为它拍摄了很多照片和录像。
• 陈坤所在的帆船船尾是在北影厂厂房内搭建完毕，运到摄影棚拍摄的。
• 片中李冰冰饰演的王金娣因伤失去了一条小腿，但是失去的小腿在前后并不一致，为了弥补错误干脆把所有镜头中的“错腿”全都抹掉。
• 陈坤在狂风暴雨的夜航船上眺望远方的镜头实际上由两部分组成，波涛汹涌的海面部分完全由电脑特技制作，一个大浪打到镜头上之后陈坤所站的帆船远远出现，这是实拍和电脑特技的结合。
• 在前半段的海浪在制作过程中得到索尼的一位业内人士指点，在“海水”表面增加了一层透明膜质，使得海水更加具有“水”的感觉。
• 片尾阶段的雪崩镜头也是经过了特技的后期处理，镜头本身来自美国，地形地貌和实际拍摄的西藏地区都有差别，需要经过特技的修理才能和其他镜头浑然一体。
• 拍摄启用了源于体育转播，后来被采用到电影中的拍摄技巧，是借助起重机拉起钢丝，在空中实现十字交叉，由电脑控制，让钢丝上的摄影机不仅可以以一个方向运动，还可以在空中转弯。
• 最后电影中看到的在老街屋顶划过的镜头是在参考了好莱坞镜头的基础上，土法上马完成的。就是虽然有起重机架钢丝，但是没有电脑控制，完全靠起重机上的两组人马手拉完成。
• 导演选定漳州老街的拍摄地后，特技摄影和特效总监就带着一套测量工具搬进了老街。每天的工作就是带着三角板大卷尺等测绘工具进行实地测绘。
• 片中所有志愿军的衣服、搪瓷水杯、军用水壶等都是按照当时保留下来的原件的式样制作的。
• 王碧云家的场景是在厦门鼓浪屿的一所经过简单改造的老宅院拍摄。
• 陈秋水和王金娣再次相遇的车厢是剧组从二七机车厂移过来的古董火车车厢。