云的彼端，约定的地方

在那个遥远的日子，他们许下了无法实现的约定。第二次世界大战以后，因对战争的不同思想，日本被分为南北两个地域来统治。在尤尼恩统治下的北海道被建立在一个谜一样的“巨塔”里，暗中进行某种计划。而在美军所占领的日本本州，还没有人知道那座塔的真实目的。从海峡中间望去，可以更加清楚地看见那里的“巨塔”。对“巨塔”一直抱有未知的憧憬和敬畏的青森县少年藤泽浩纪和白川拓也一直希望依靠自身的力量飞到“巨塔”上去，於是利用了军队留下的废品，在山里战后遗迹中组装了一驾小型飞机。同时对“巨塔”感兴趣的还有和他们同年纪也是共同喜欢的女孩泽渡佐由理，他们三人都觉得如果不去接触“巨塔”以后再也不知道什么时候才能接触它了。可这时佐由理因为沉睡而移送到了位于东京的医院中，说不出的空虚和寂寞让两人失去对飞机和“巨塔”的干劲，放弃了梦想的行动，浩纪考进东京的高中，拓也继续留在青森的高中就学，彼此在各自的道路上越走越远。多年以后，在东京生活着丧失目标的浩纪不知从何时开始频繁地梦见佐由理，无意中他得知佐由理从那年的十五岁夏天开始就患了原因不明的记忆障碍症，一直在医院里沉睡。浩纪决心将佐由理从永恒的睡眠中拯救出来，同时请在政府大楼工作的拓也帮忙，他们渐渐地发现佐由理和‘巨塔’之间存在着许多隐藏的秘密，只要他们靠近这些秘密两者就会产生排斥。同时世界的局势呈现恶化，各国开战的危机迫在眉睫。 浩纪和拓也最终陷入了“拯救佐由理还是拯救世界”的矛盾之中。他们想依照当年的约定，并站在下课后约定的地方见面。故事背景设定在以现实世界为基础所衍生的 架空世界，叙述日本在 津轻海峡另一侧的 北海道遭到占领，形成南北两侧对立的舞台（并非历史事件）。北方的北海道在联盟控制之下，南方则在美日的联合控制下。而片中三位主角年少时所处的青森在离北海道不远处的美控的日本。1945年，苏联背弃日苏中立条约，于十月攻占北海道。日本恢复主权后，北海道也被改名为“虾夷”，归入苏联的体制之下。1956年 赫鲁晓夫在第二十届共产党大会上宣布统合苏联、东欧与西亚所有共产主义国家的统一政体“联邦国”诞生。 1960年代后半，虾夷内部民族主义运动高涨，为了因应这个情势，联邦国于1975年与日本断交，使日本南北分裂情势延续至今。联邦国在虾夷上建造有着高度直达云端、被称为“联邦国巨塔”的神秘建筑物，该神秘巨塔因此造成美国与联邦国的军事冲突点。