这部续集中，我们能看到鲸鲨、白鲸、海狮、章鱼等等生物都可以做的近乎真实，然而和第一部相比，新增的这些海洋生物角色却并不如前作那样印象深刻。《海底总动员1》中故事线索仅有千里寻子一条，无论是三只吃素的鲨鱼，还是嬉皮士风格的海龟，尼莫鱼缸中的伙伴和鹈鹕；这些配角都让电影有了更丰富的可看性。而在续集里，编辑和导演面临着多条故事线索的铺设，有主角多莉的寻亲路，有尼莫的成长之路，还有马林对友情和自己的新发掘；三个主角几乎占据了电影的所有时间，这就使得配角难以再像第一部那么出彩，因此只有章鱼变得让观众印象深刻。 而故事主线中，多莉的寻亲之路实在有点简单。