影片讲述了在“太平洋浮标”正式启动之前，为了与‌欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师集结于此。与此同时，柯南和少年侦探团成员在园子的邀请下前往八丈岛赏鲸。期间，柯南接到‌冲矢昴（赤井秀一）的电话，告知欧洲刑警组织的成员在德国被‌琴酒杀害。感到不安的柯南潜入警备艇，进入设施内部调查。在设施内发生了一起女性工程师被黑衣组织绑架的事件，她手中的‌USB盘记录了重要信息，落入组织手中。此外，影片还揭示了黑衣组织的阴谋和其与柯南之间的对抗，以及‌灰原哀身边的危险。