施瑞德的大脚帮与忍者大师忍团在哥谭市结成刺客联盟，偷走韦恩集团的降雨装置要完成把哥谭市民变成各种变异野兽。蝙蝠女和科研团队遇袭，忍者神龟们赶走了偷走降雨装置的大脚帮，蝙蝠侠与施瑞德打斗双方均受重伤。企鹅的偷盗的计划被神龟们破坏，蝙蝠侠与神龟们打斗中达芬奇的叉子被蝙蝠侠拿走化验发现了异变因子而研制出解药，罗宾发现刺客联盟的阴谋后脱身，而忍者神龟们也找到蝙蝠侠化解误会，两方决定合作。阿卡汉精神病院遭到刺客联盟袭击，蝙蝠侠的死敌们都受到变异药剂感染，蝙蝠侠等人来到阿卡汉调查，蝙蝠侠遭感染，所幸有解药获救，众人查到刺客联盟的落脚点展开决战，神龟们击退忍者大师，蝙蝠侠打败施瑞德，成功脱身后众人不舍道别。