《玛丽与魔女之花》精心编配了非常优美的音乐。为了表现出电影呈现出的“现实与魔幻”的气息，村松崇继采用了德西马琴来为电影营造气氛。让这部电影都洋溢着浓浓的异域风情，也呈现出魔法世界的灵动与奇妙。日本著名摇滚乐队终世乐队演唱的主题曲《Rain》也是抢耳动听，为本片带去了一种温暖又充满希望的优美感受。